Beim Syntax des Java Befehls, gibt man den Klassennamen ohne .class an. Also z.B.:
E:\CoLi\1310\Filter>java Filter
Allerdings ist es sehr unüblich, dass eine Klasse kein Package hat, so dass obiges schief gehen kann. Dann muss man die Wurzel finden, um von dort einen Packagenamen angeben zu können. Der Packagename entspricht dabei dem Verzeichnis. Man geht dann eine Verzeichnishierarchie höher falls man weiterhin "Class not found" erhält u. tippt:
E:\CoLi\1310>java Filter.Filter
Wenn Du den Quellcode noch hast, dann schaust in die 1. Zeile vom Filter.java - dort steht auch der Packagename drin.
Es ist generell sehr unüblich Java Code OHNE .bat; .cmd; .sh Startdateien auszuliefern. Und wenn man ohne Startdateien ausliefert, dann gibt's irgendwo in deinem Programm möglicherweise eine .jar Datei. Diese enthält alle benötigten .class Dateien zusammengezippt zusammen mit einer Konfigurationsdatei MANIFEST.MF, die beschreibt wo die "main" Klasse ist. Starten geht dann einfacher, da man nichts über die Organisation in Packages u. Startdateien wissen muss:
E:\CoLi\1310\Filter>java -jar Filter.jar
Ich sehe Du hast ein GNU Java auf der Debian Lenny Kiste. Das ist weder schnell noch kompatibel. Nimm die SUN JRE (Java Runtime Environment):
http://packages.debian.org/lenny/sun-java6-jre
sudo apt-get install sun-java6-jre
sudo apt-get purge gij gij-4.3