Konvertierte Videos ruckeln stark

Hallo,

Ich bin langsam am Verzweifeln, ich versuche meine Video Dateien zu konvertieren um etwas Platz zu schaffen, und diese für meinen Fernseher kompatibel zu machen. Mein Problem ist, dass nach der Konvertierung alle Konvertierten Videos stark Ruckeln. Manche kann der Mediaplayer classic ruckefrei abspielen, aber die meisten eben nicht. Ich habe zum Testen alle gängigen Dateiformate als Quelle und Ziel versucht, trotzdem immer dasselbe Problem. Wobei ich eigentlich nur .mkv (27GB) Dateien in eine H.264 .avi Datei (ca. 6GB) konvertieren will. Beides 1080p, wobei auch kleinere nicht funktionieren)
Das dauert an meinem PC etwa 40-50 Minuten. Da ich die Hardware ausschließen wollte, habe ich zum Konvertieren über Nacht dasselbe Projekt auch mit meinem Notebook getestet, das hat etwa 45 Stunden gedauert. Die Datei kann ich nun an meinem Notebook ruckelfrei abspielen, auch mein TV schafft das. Meine PCs (2 Verschiedene) jedoch leider immer noch nicht, und ich kann nicht für jede Datei 2 Tage warten.
Um der Lösung näher zu kommen habe ich schon folgendes Probiert.
- Andere Dateiformate, Bitrate, Auflösung, Codecs, andere Anzahl an frames.
- Sehr viele Verschiedene Programme zum Konvertieren und bearbeiten
- Update aller Codecs, sowie Windows Update und den Grafikkartentreiber aktualisiert
- CCleaner durchlaufen lassen
- Alle Programm im Hintergrund geschlossen, die dafür nicht benötigt werden.
- und viel bei google gesucht

Bislang leider ohne Erfolg.
Alle ausgangs Dateien funktionieren aber ruckelfrei.

Ich habe leider keine Ideen mehr wie ich das Problem lösen soll, denn auch manche Videos die schon mal liefen, funktionieren nun nicht mehr. Jedoch andere wiederum schon, obwohl sie die gleichen Eigenschaften haben. Kann mir jemand helfen?

Mein System (PC):
AMD FX-8150 8x 3,6 Ghz
AMD Radeon HD7950 3GB (Catalyst 12.2)
ASUS Sabertooth 970FX (neustes Bios)
6GB DDR3 1333 RAM
128Gb SSD von OCZ
Windows 7 64bit

Mein Notebook:
Intel Core 2 Duo T5800 2x 2Ghz
ATI Mobility Radeon HD3650 (Catalyst 11.10)
3 GB DDR3 800 RAM
Windows 7 32Bit

Gruß